РАЗРАБОТКА ОНЛАЙН-ПЛАТФОРМЫ ДЛЯ ПОИСКА ТАНДЕМНЫХ ПОВТОРОВ ПРИ ПОЛНОГЕНОМНОМ СЕКВЕНИРОВАНИИ - Голенко, Е.С.; Исмаилова, А.А.; Кадиркулов, К.К.; Календарь, Р.Н. (Academic Scientific Journal of Computer Science, 2024)
В статье представлены результаты разработки онлайнплатформы для идентификации тандемных повторов при полногеномном секвенировании, обнаружение которых является критически важным для многих областей генетики, криминалистики и медицины. Разработка специализированного программного обеспечения для анализа данных полногеномного секвенирования имеет огромное значение для биологических и медицинских исследований, однако идентификация этих повторов является крайне сложной задачей из-за их высокой вариабельности и сложности, а традиционные методы часто сталкиваются с трудностями при анализе тандемных повторов. В исследовании приведены анализ и обсуждение существующих методов идентификации тандемных повторов, обозначены их преимущества и недостатки, а также рассмотрены перспективы и направления дальнейших исследований в этой области. Наряду с описанием и применением традиционного подхода к обработке данных секвенирования для поиска тандемных повторов в предлагаемом программном обеспечении используется специально разработанный алгоритм, позволяющий идентифицировать все типы коротких тандемных повторов. Платформа реализована с использованием клиент-серверной архитектуры, включает в себя авторизацию пользователя, страницы задания параметров вычислений повторов, отражение и сохранение истории результатов и их просмотр в текстовом и визуализированном форматах.