MLVA AS A METHOD OF GENOTYPING AND ALGORITHMS FOR ITS IMPLEMENTATION USING GENOME-WIDE DATA - Шевцов, Владислав (Academic Scientific Journal of Computer Science, 2023)
Абстрактный. В сфере современной молекулярной биологии и эпидемиологии, где обширные генетические данные подвергаются сложной обработке и анализу, информационные технологии играют ключевую роль как в продвижении, так и в совершенствовании внедрения многолокусного тандемного повторного анализа с переменным числом (MLVA). В этом динамичном ландшафте эти технологии становятся катализаторами, которые расширяют возможности и совершенствуют методологию MLVA. Сравнение профилей MLVA у разных людей или мест выявляет ритмические закономерности передачи, определяет источники инфекции и освещает пути распространения патогена. Эти знания служат основой для целенаправленных мер, стратегий целенаправленного контроля и упреждающего сдерживания потенциальных вспышек. В контексте выявления и борьбы со вспышками использование MLVA проявляется особенно ярко. Путем анализа профилей MLVA патогенных штаммов, взятых у больных, этот метод быстро выявляет общие источники инфекции и связи между случаями. Такая гибкость обеспечивает быстрое реагирование, облегчая сдерживание и контроль. Сравнение профилей MLVA у разных людей или мест выявляет ритмические закономерности передачи, определяет источники инфекции и освещает пути распространения патогена. Эти знания служат основой для целенаправленных мер, стратегий целенаправленного контроля и упреждающего сдерживания потенциальных вспышек. По мере того, как мы углубляемся в тонкости MLVA и его применения, становится очевидным, что истинная сила метода заключается в его способности распутывать сложные нити передачи патогенов. Тщательно изучая профили MLVA среди пострадавших людей или географических регионов, мы раскрываем скрытые ритмы распространения инфекции. Это открытие не только определяет происхождение инфекций, но и дает бесценную информацию о том, как распространяются патогены. Путем анализа профилей MLVA патогенных штаммов, взятых у больных, этот метод быстро выявляет общие источники инфекции и связи между случаями. Такая гибкость обеспечивает быстрое реагирование, облегчая сдерживание и контроль. В борьбе с инфекционными заболеваниями незаменимым инструментом становится мультилокусный анализ тандемных повторов с переменным числом (MLVA), подкрепленный огромными возможностями информационных технологий. Он не только разъясняет сложную динамику патогенных агентов, но также предоставляет важные знания, необходимые для защиты общественного здоровья. В обзорной статье описывается значительная значимость роли информационных технологий в выявлении источников вспышек и эпидемиологическом контроле, а также проводится сравнительный анализ алгоритмов.